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Seminar: Inference of Regulatory and Metabolic Networks in Systems Biology

Dozent Andreas Dräger, Jochen Supper
Sprechstunde In der Woche vom 04. bis 08. Juni für alle Vorträge am 14. Juni
In der Woche vom 11. bis 15. Juni für alle Vorträge am 21. Juni
Zeit Diese Lehrveranstaltung findet als Blockseminar am 14. und 21. Juni statt.
Umfang 2 SWS
Beginn 14.06.2007 um 9:15 Uhr
Vorbesprechung 14:15, 16.04.2007, A302
OrtA326
Turnus unregelmäßig

Beschreibung:
In diesem Seminar werden aktuelle Forschungsthemen der Modellierung und Rekonstruktion von regulatorischen und metabolischen Netzwerken behandelt.

Teilnehmer halten ein Referat auf Deutsch oder Englisch (40min + 10min Diskussion) und erstellen eine schriftliche Ausarbeitung (ca. 15-20 Seiten entsprechend der unten angegebenen Stilvorlage). Die Ausarbeitung ist jeweils 14 Tage nach dem Vortrag abzugeben.  

Themen und Termine
Termin Thema Betreuung Referent(in)
14.06.2007
9:15
Systems Biology: a brief overview [8, 10] Jochen Supper Frank Ziegner
14.06.2007
10:15
Fundamentals of biochemical modeling [5, 9] Andreas Dräger Klaus Kopec
14.06.2007
13:15
Processing of extracellular signals [2] Jochen Supper Lucia Spangenberg
14.06.2007
14:15
Automated modelling of signal transduction networks [14] Jochen Supper Alexander Herbig
14.06.2007
15:15
Kinetic modeling of transcriptional regulatory networks [13] Jochen Supper Patrick Sobetzko
21.06.2007
9:15
Computational identification of transcriptional regulatory elements in DNA sequence [3] Jochen Supper Nastasja Trunk
21.06.2007
10:15
MicroRNAs and their regulatory roles [6] Jochen Supper Thomas Müller
21.06.2007
entf.
Metabolic Control Analysis (MCA) [15] Andreas Dräger
21.06.2007
11:15
Modeling the dynamics of the amino acid metabolism [4] Andreas Dräger Barbara Rakitsch
21.06.2007
13:15
KEGG and TRANSFAC: databases for biological systems [7, 12] Andreas Dräger Johannes Eichner
21.06.2007
entf.
SBML tools for Systems Biology [1] Andreas Dräger
21.06.2007
14:15
Convenience kinectis for metabolic network analysis [11] Andreas Dräger Marc Rurik

Voraussetzungen:
ab 5. Semester 

Literatur:

[1] Tools for the systems biology markup language. www.sbml.org.

[2] G. Altan-Bonnet and R. N. Germain. Modeling T cell antigen discrimination based on feedback control of digital ERK responses. PLoS Biol, 3(11):e356, Nov 2005.

[3] D. GuhaThakurta. Computational identification of transcriptional regulatory elements in DNA sequence. Nucleic Acids Res, 34(12):3585–3598, 2006.

[4] R. Guthke, K. Zeilinger, S. Sickinger, W. Schmidt-Heck, H. Buentemeyer, K. Iding, J. Lehmann, M. Pfaff, G. Pless, and J. C. Gerlach. Dynamics of amino acid metabolism of primary human liver cells in 3D bioreactors. Bioprocess Biosystem Engineering, 28(5):331–340, April 2006.

[5] R. Heinrich and S. Schuster. The Regulation of Cellular Systems. Chapman and Hall, 115 Fifth Avenue New York, NY 10003, 1996.

[6] M. W. Jones-Rhoades, D. P. Bartel, and B. Bartel. MicroRNAS and their regulatory roles in plants. Annu Rev Plant Biol, 57:19–53, 2006.

[7] M. Kanehisa, S. Goto, M. Hattori, K. F. Aoki-Kinoshita, M. Itoh, S. Kawashima, T. Katayama, M. Araki, and M. Hirakawa. From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG. Nucleic Acids Res, 34(Database issue):D354–D357, Jan 2006.

[8] H. Kitano. Systems Biology: A Brief Overview. Science, 295(5560):1662–1664, 2002.

[9] H. Kitano, A. Funahashi, Y. Matsuoka, and K. Oda. Using process diagrams for the graphical representation of biological networks. Nature Biotechnology, 23(8):961–966, August 2005.

[10] I. Lazebnik. [Can a biologist fix a radio, or what I learned while studying apoptosis]. Adv Gerontol, 12:166–71, 2003.

[11] W. Liebermeister and E. Klipp. Bringing metabolic networks to life: convenience rate law and thermodynamic constraints. Theor Biol Med Model, 3:41, December 2006.

[12] V. Matys, O. V. Kel-Margoulis, E. Fricke, I. Liebich, S. Land, A. Barre-Dirrie, I. Reuter, D. Chekmenev, M. Krull, K. Hornischer, N. Voss, P. Stegmaier, B. Lewicki-Potapov, H. Saxel, A. E. Kel, and E. Wingender. Transfac and its module transcompel: transcriptional gene regulation in eukaryotes. Nucleic Acids Res., 1:34:D108–D110, 2006.

[13] A. Sayyed-Ahmad, K. Tuncay, and P. J. Ortoleva. Transcriptional regulatory network refinement and quantification through kinetic modeling, gene expression microarray data and information theory. BMC Bioinformatics, 8:20, 2007.

[14] M. Steffen, A. Petti, J. Aach, P. D’haeseleer, and G. Church. Automated modelling of signal transduction networks. BMC Bioinformatics, 3:34, Nov 2002.

[15] D. Visser and J. Heijnen. The mathematics of metabolic control analysis revisited. Metabolic Engineering, 4:114–123, 05 2002.

Bemerkungen: 
Besonders geeignet für Studierende der Bioinformatik. 

Stilvorlage

  • Für die Erstellung der Ausarbeitung mit Word97/2000 gibt es hier eine Stilvorlage (Word97-Format, 27kB).
  • Wenn Sie eine andere Textverarbeitung bevorzugen, orientieren Sie sich bitte an diesem Muster (PDF-Format, 13kB).
  • Für Latex-Fans gibt es einen Style mit kleiner Demo.


Last changes: 17.04.2008, 10:37 CEST. RA-Webmaster. Impressum
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