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Proseminar: Einführung in die Systembiologie

Dozent C. Henneges, A. Schröder, A. Dräger
Sprechstunde nach Vereinbarung
Zeit Di., 18.00 Uhr bis 20.00 Uhr
Umfang 2 SWS
Beginn
Vorbesprechung Mi., 15.10., 14.15 Uhr, Sand 1, Raum A302
Ort Sand 1, Raum A302
Turnus regelmäßig

Themen:

Datum Thema Betreuung Referent(in)
28.10.2008 1. Systembiologie - ein Überblick [1, 2, 3] Adrian Schröder,
Andreas Dräger,
Carsten Henneges
Andreas Dräger
04.11.2008 2. Modellierung und Simulation [4] Andreas Dräger Michael Ziller
11.11.2008 3. Modellkalibrierung durch Parameteroptimierung [5, 6] Andreas Dräger Sebastian Rheinnecker
18.11.2008 4. Standards in der Systembiologie: SBML, SBO, GO und weitere Vokabulare [9, 10] Andreas Dräger Andreas Dräger
25.11.2008 5.Regulationsmodule: Muster in biologischen Netzwerken [19, 20] Carsten Henneges Carsten Henneges
02.12.2008 6. Signaltransduktionsnetzwerke [21, 22] Adrian Schröder Adrian Schröder
09.12.2008 7. Online-Datenbanken [11, 12, 13, 14, 15, 16] Carsten Henneges Andreas Schmid
16.12.2008 8. Inferenz cis-regulatorischer Module [17] Adrian Schröder Clemens Wrzodek
27.01.2008 9. Anwendung der Systembiologie in der Medikamentenentwicklung [23] Adrian Schröder Julian Nordt
03.02.2009 10. Programming DNA: A 2-bit language for engineering biology,
Nachbesprechung
Adrian Schröder,
Andreas Dräger,
Carsten Henneges
Drew Endy

Literaturvorschläge:

[1]

Lazebnik, Y. Can a Biologist Fix a Radio? --- or, What I Learned while Studying Apoptosis Biochemistry, 2002, 69, 1403-1406.

[2]

Systeme des Lebens http://www.bmbf.de/pub/systembiologie.pdf, BMBF.

[3]

Kitano, H. Systems Biology: A Brief Overview Science, 2002, 295, 1662-1664.

[4]

Heinrich, R. & Schuster, S. The Regulation of Cellular Systems, Kapitel 2, Chapman and Hall, 1996.

[5]

Julio R Banga, Optimization in computational systems biology, BMC Systems Biology, 2008

[6]

Zi, Z. & Klipp, E. SBML-PET: a Systems Biology Markup Language-based parameter estimation tool Bioinformatics, 2006, 22, 2704-2705.

[7]

Chassagnole, C.; Noisommit-Rizzi, N.; Schmid, J. W.; Mauch, K. & Reuss, M. Dynamic Modeling of the Central Carbon Metabolism of Escherichia coli Wiley Periodicals, Inc., 2002, 54-73.

[8]

Gillespie, D. T. A General Method for Numerically Simulating the Stochastic Time Evolution of Coupled Chemical Reactions Journal of Computational Physics, 1976, 22, 403-434.

[9]

Hucka, M.; Finney, A.; Sauro, H. M.; Bolouri, H.; Doyle, J. C.; Kitano, H.; Arkin, A. P.; Bornstein, B. J.; Bray, D.; Cornish-Bowden, A.; Cuellar, A. A.; Dronov, S.; Gilles, E. D.; Ginkel, M.; Gor, V.; Goryanin, I. I.; Hedley, W. J.; Hodgman, T. C.; Hofmeyr, J.; Hunter, P. J.; Juty, N. S.; Kasberger, J. L.; Kremling, A.; Kummer, U.; Le Novere, N.; Loew, L. M.; Lucio, D.; Mendes, P.; Minch, E.; Mjolsness, E. D.; Nakayama, Y.; Nelson, M. R.; Nielsen, P. F.; Sakurada, T.; Schaff, J. C.; Shapiro, B. E.; Shimizu, T. S.; Spence, H. D.; Stelling, J.; Takahashi, K.; Tomita, M.; Wagner, J. & Wang, J. The systems biology markup language (SBML): a medium for representation and exchange of biochemical network models Bioinformatics, 2003, 19, 524-531.

[10]

SBML.org.

[11]

Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: kyoto encyclopedia of genes and genomes. Nucleic Acids Research, 2000, 28, 27-30.

[12]

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[13]

Krull, M.; Voss, N.; Choi, C.; Pistor, S.; Potapov, A. & Wingender, E. TRANSPATH an integrated database on signal transduction and a tool for array analysis Nucl. Acids Res., 2003, 31, 97-100.

[14]

Krull, M.; Pistor, S.; Voss, N.; Kel, A.; Reuter, I.; Kronenberg, D.; Michael, H.; Schwarzer, K.; Potapov, A.; Choi, C.; Kel-Margoulis, O. & Wingender, E. TRANSPATH(R): an information resource for storing and visualizing signaling pathways and their pathological aberrations Nucl. Acids Res., 2006, 34, D546-551.

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[16]

http://sabio.villa-bosch.de.

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Lauffenburger, D. Cell signaling pathways as control modules: Complexity for simplicity? Proceedings of the National Academy of Sciences, 2000, 97, 5031-5033.

[22]

Sachs, K.; Perez, O.; Pe'er, D.; Lauffenburger, D. A. & Nolan, G. P. Causal Protein-Signaling Networks Derived from Multiparameter Single-Cell Data Science, 2005, 308, 523-529.

[23]

Butcher, E. C.; Berg, E. L. & Kunkel, E. J. Systems biology in drug discovery Nat Biotech, 2004, 22, 1087-0156.

Stilvorlage

  • Für die Erstellung der Ausarbeitung mit Word97/2000 gibt es hier eine Stilvorlage (Word97-Format, 27kB).
  • Wenn Sie eine andere Textverarbeitung bevorzugen, orientieren Sie sich bitte an diesem Muster (PDF-Format, 13kB).
  • Für Latex-Fans gibt es einen Style mit kleinem Demo.

Last changes: 11.11.2008, 20:07 CET. RA-Webmaster. Impressum
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