Seminar: Systembiologie

Dozent C. Henneges, A. Schröder, A. Dräger C. Wrzodek F. Büchel
Sprechstunde nach Vereinbarung
Zeit Di., 18.00 Uhr bis 20.00 Uhr
Umfang 2 SWS
Beginn 20.10.2009
Vorbesprechung 20.10.2009
Ort Sand 1, Raum A302
Turnus regelmäßig

Beschreibung

In den letzten Jahren hat sich der junge Wissenschaftszweig der Systembiologie rapide entwickelt. In diesem Seminar werden aktuelle Forschungsthemen aus diesem interdisziplinären Fachgebiet behandelt. Neben Themen zur Modellierung und Rekonstruktion regulatorischer und metabolischer Netzwerke werden unter anderem moderne Messmethoden sowie ausgewählte und weit verbreitete Software-Tools vorgestellt. Teilnehmende halten ein Referat auf Deutsch oder Englisch (45 min + 15 min Diskussion) und erstellen eine schriftliche Ausarbeitung (ca. 15 bis 20 Seiten entsprechend der unten angegebenen Stilvorlage).

Themen

Datum Thema Betreuung Referent(in)
10.11.2009 Systembiologie im Überblick [1-3] Carsten Henneges Katrin Sippel
17.11.2009 Hochdurchsatzmessungen: Microarrays, RNA-Sequenzierung und die Sequenzierungstechnik der nächsten Generation [4] Adrian Schröder Günter Jäger
24.11.2009 Die systembiologische Modellierungssprache SBML [5] Andreas Dräger Jennifer Lange
01.12.2009 Systembiologie-Datenbanken: KEGG und TRANSFAC [6-7] Johannes Eichner Markus List
08.12.2009 Modellierung biologischer Systeme [8-9] Andreas Dräger Alf Scotland
15.12.2009 Genomweite Assoziationsanalysen [10] Finja Büchel
05.01.2010 Maschinelle Lernverfahren zur Analyse von SNP-Daten [11] Florian Mittag Roland Ruß
12.01.2010 Inferenz genregulatorischer Module [12] Clemens Wrzodek Frederik Weber
19.01.2010 Automatische Rekonstruktion von Signalnetzwerken [13] Adrian Schröder Steffen Sass
26.01.2010 Rechnergestützte Epigenomik [14-15] Clemens Wrzodek
02.02.2010 Algorithmen zur Vorhersage von Protein-Protein-Interaktionen [16-17] Finja Büchel Julija Negerisa
09.02.2010 Software in der Systembiologie [18] Carsten Henneges Immanuel Luhn
16.02.2010 Nachbesprechung
  Warteliste   Björn-Oliver Gohlke

Literaturvorschläge

[1]

Lazebnik,Y. Can a Biologist Fix aRadio? — or, What I Learned while Studying Apoptosis Biochemistry, 2002, 69, 1403-1406.

[2]

Systeme des Lebens http://www.bmbf.de/pub/systembiologie.pdf, BMBF.

[3]

Kitano,H. Systems Biology: A Brief Overview Science, 2002, 295, 1662-1664.

[4]

Wang, Z.; Gerstein, M. & Snyder, M. RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nat Rev Genet, Department of Molecular, Cellular and Developmental Biology, Yale University, 219 Prospect Street, New Haven, Connecticut 06520, USA., 2009, 10, 57-63.

[5]

Hucka,M.; Finney, A.; Sauro, H. M.; Bolouri, H.; Doyle, J. C.; Kitano, H.; Arkin, A. P.; Bornstein, B.J.; Bray, D.; Cornish-Bowden, A.; Cuellar, A. A.; Dronov, S.; Gilles,E. D.; Ginkel, M.; Gor, V.; Goryanin, I. I.; Hedley, W. J.; Hodgman,T. C.; Hofmeyr, J.; Hunter, P. J.; Juty, N. S.; Kasberger, J. L.;Kremling, A.; Kummer, U.; Le Novere, N.; Loew, L. M.; Lucio, D.;Mendes, P.; Minch, E.; Mjolsness, E. D.; Nakayama, Y.; Nelson, M. R.;Nielsen, P. F.; Sakurada, T.; Schaff, J. C.; Shapiro, B. E.;Shimizu, T. S.; Spence, H. D.; Stelling, J.; Takahashi, K.; Tomita,M.; Wagner, J. & Wang, J. The systems biology markup language(SBML): a medium for representation and exchange of biochemical network models Bioinformatics, 2003, 19, 524-531.

[6]

M. Kanehisa, S. Goto, M. Hattori, K. F. Aoki-Kinoshita, M. Itoh, S. Kawashima, T. Katayama, M. Araki, and M. Hirakawa. From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG. Nucleic Acids Res, 34(Database issue):D354 D357, Jan 2006.

[7]

V. Matys, O. V. Kel-Margoulis, E. Fricke, I. Liebich, S. Land, A. Barre-Dirrie, I. Reuter, D. Chekmenev, M. Krull, K. Hornischer, N. Voss, P. Stegmaier, B. Lewicki-Potapov, H. Saxel, A. E. Kel, and E. Wingender. Transfac and its module transcompel: transcriptional gene regulation in eukaryotes. Nucleic Acids Res., 1:34:D108 D110, 2006.

[8]

Heinrich,R. & Schuster, S. The Regulation of Cellular Systems, Kapitel 2, Chapman and Hall, 1996.

[9]

Julio R Banga, Optimization in computational systems biology, BMC Systems Biology, 2008.

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[11]

Zhang, Y.-Q. & Rajapakse, J. C., Machine Learning in Bioinformatics, Wiley, 2009.

[12]

Bonneau, R.; Reiss, D. J.; Shannon, P.; Facciotti, M.; Hood, L.; Baliga, N. S. & Thorsson, V. The Inferelator: an algorithm for learning parsimonious regulatory networks from systems- biology data sets de novo.

[13]

Fröhlich, H.; Fellmann, M.; Sültmann, H.; Poustka, A. & Beissbarth, T. Estimating large-scale signaling networks through nested effect models with intervention effects from microarray data. Bioinformatics, German Cancer Research Center, Im Neuenheimer Feld 580, 69120 Heidelberg, Germany, 2008, 24, 2650-2656.

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Bock, C.; Walter, J.; Paulsen, M. & Lengauer, T. CpG Island Mapping by Epigenome Prediction, PLoS Comput Biol, Public Library of Science, 2007, 3.

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Bock, C.; Paulsen, M.; Tierling, S.; Mikeska, T.; Lengauer, T. & Walter, J. CpG Island Methylation in Human Lymphocytes Is Highly Correlated with DNA Sequence, Repeats, and Predicted DNA Structure PLoS Genetics, 2006, 2.

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Chen, X.-W. & Liu, M. Prediction of protein-protein interactions using random decision forest framework, Bioinformatics, 2005, 21, 4394-4440.

[18]

Funahashi, A.; Matsuoka, Y.; Jouraku, A.; Morohashi, M.; Kikuchi, N.; Kitano, H., CellDesigner 3.5: A Versatile Modeling Tool for Biochemical Networks, Proceedings of the IEEE Volume 96, Issue 8, Aug. 2008 Page(s):1254 - 1265.

Stilvorlage

  • Für die Erstellung der Ausarbeitungmit Word97/2000 gibt es hier eine Stilvorlage( Word97-Format, 27kB).
  • Wenn Sie eine andere Textverarbeitungbevorzugen, orientieren Sie sich bitte an diesem Muster ( PDF-Format, 13kB).
  • Für Latex-Fans gibt es einen Stylemit kleinem Demo.