Seminar: Systembiologie

Dozent Carsten Henneges, Finja Büchel
Sprechstunde nach Vereinbarung
Zeit Montags 14-16 Uhr
Credit points, Diplom 2 SWS
Credit points, Master 4 LP
Beginn 25.Oktober 2010
Vorbesprechung Dienstag, 12. Oktober, 18 Uhr
Ort Sand 6, Seminarraum F118
Turnus regelmäßig

Beschreibung

In den letzten Jahren hat sich der junge Wissenschaftszweig der Systembiologie rapide entwickelt. In diesem Seminar werden aktuelle Forschungsthemen aus diesem interdisziplinären Fachgebiet behandelt. Neben Themen zur Modellierung und Rekonstruktion regulatorischer und metabolischer Netzwerke werden unter anderem moderne Messmethoden sowie ausgewählte und weit verbreitete Software-Tools vorgestellt. Teilnehmende halten ein Referat auf Deutsch oder Englisch (45 min + 15 min Diskussion) und erstellen eine schriftliche Ausarbeitung (ca. 15 bis 20 Seiten entsprechend der unten angegebenen Stilvorlage).

Themen

Datum Thema Betreuung
25.10.2010 Systembiologie im Überblick [1] Carsten Henneges
08.11.2010 Modellierung biologischer Systeme [2-3] Carsten Henneges
15.11.2010 Die systembiologische Modellierungssprache SBML [4] Carsten Henneges
22.11.2010 Inferenz genregulatorischer Module [5] Carsten Henneges
29.11.2010 Boolesche Netzwerke [6] Carsten Henneges
06.12.2010 Epigenetik [7] Finja Büchel
13.12.2010 Genomweite Assoziationsanalysen [8] Finja Büchel
10.01.2011 Vorhersage und Visualisierung von Proteininteraktionsnetzwerken [9-10] Finja Büchel
17.01.2011 Gene Ontology und deren Anwendung auf regulatorische Pathways [11] Finja Büchel
24.01.2011 KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) and SubpathwayMiner [12-13] Finja Büchel
  Warteliste  

Anmeldung:
Ausschließlich über dieses Webformular. Tragen Sie sich bitte selbst mit den Schaltflächen ganz rechts in der Termin-Tabelle ein. Wir reservieren Ihnen dann das gewünschte Thema bis zur Vorbesprechung, an der Sie persönlich anwesend sein müssen.
Falls Sie eine Anmeldung wieder streichen möchten, schicken Sie bitte eine entsprechende E-Mail mit Ihrem Namen, Titel des Seminars und Vortrags sowie Ihrer Matrikelnummer an Philipp Vorst.

Anmerkung:
Themen und Terminänderungen werden in der Vorbesprechung bekannt gegeben.

Literaturvorschläge

[1]

Kitano,H. Systems Biology: A Brief Overview Science, 2002, 295, 1662-1664.

[2]

Heinrich,R. & Schuster, S. The Regulation of Cellular Systems, Kapitel 2, Chapman and Hall, 1996.

[3]

Julio R Banga, Optimization in computational systems biology, BMC Systems Biology, 2008.

[4]

Hucka,M.; Finney, A.; Sauro, H. M.; Bolouri, H.; Doyle, J. C.; Kitano, H.; Arkin, A. P.; Bornstein, B.J.; Bray, D.; Cornish-Bowden, A.; Cuellar, A. A.; Dronov, S.; Gilles,E. D.; Ginkel, M.; Gor, V.; Goryanin, I. I.; Hedley, W. J.; Hodgman,T. C.; Hofmeyr, J.; Hunter, P. J.; Juty, N. S.; Kasberger, J. L.;Kremling, A.; Kummer, U.; Le Novere, N.; Loew, L. M.; Lucio, D.;Mendes, P.; Minch, E.; Mjolsness, E. D.; Nakayama, Y.; Nelson, M. R.;Nielsen, P. F.; Sakurada, T.; Schaff, J. C.; Shapiro, B. E.;Shimizu, T. S.; Spence, H. D.; Stelling, J.; Takahashi, K.; Tomita,M.; Wagner, J. & Wang, J. The systems biology markup language(SBML): a medium for representation and exchange of biochemical network models Bioinformatics, 2003, 19, 524-531.

[5]

Bonneau, R.; Reiss, D. J.; Shannon, P.; Facciotti, M.; Hood, L.; Baliga, N. S. & Thorsson, V. The Inferelator: an algorithm for learning parsimonious regulatory networks from systems- biology data sets de novo.

[6]

Albert, R., Boolean Modeling of Genetic Regulatory Networks, Lect. Notes Phys. , 2004, 650, 459-481.

[7]

Bock, C., Lengauer, T., Computational epigenetics, Bioinformatics, 2007, 24, 1-10.

[8]

Cordell, H. J. & Clayton, D. G., Genetic association studies, The Lancet, 2005, 366, 1121-31.

[9]

Björkholm, P. & Sonnhammer, E., Comparative analysis and unification of domain-domain interaction networks., 2009, 25, 3020-3025.

[10]

Jensen, L. et al. STRING 8--a global view on proteins and their functional interactions in 630 organisms, Nucl. Acids Res., 2009, 37, D412-D416.

[11]

Guo, X. et al., Assessing semantic similarity measures for the characterization of human regulatory pathways., Bioinformatics, 2006, 22, 967-973.

[12]

Kanehisa, M. et al., M.; KEGG for representation and analysis of molecular networks involving diseases and drugs. Nucleic Acids Res. 38, D355-D360.

[13]

Li, C. et al., SubpathwayMiner: a software package for flexible identification of pathways., Nucleic Acids Res, 2009, 37, e131.

Stilvorlage

  • Für die Erstellung der Ausarbeitungmit Word97/2000 gibt es hier eine Stilvorlage( Word97-Format, 27kB).
  • Wenn Sie eine andere Textverarbeitungbevorzugen, orientieren Sie sich bitte an diesem Muster ( PDF-Format, 13kB).
  • Für Latex-Fans gibt es einen Stylemit kleinem Demo.