Seminar: Systembiologie

Dozenten Prof. Dr. Andreas Zell, Finja Büchel, Stephanie Tscherneck
Sprechstunde Nach Vereinbarung
Zeit Montags, 13.15 - 15:00 Uhr
Umfang 2 SWS
Beginn 16. Oktober 2012
Vorbesprechung 16. Oktober 2012, 17 Uhr
Ort F116, Sand 6
Turnus unregelmäßig

Beschreibung

In diesem Seminar werden aktuelle Forschungsthemen der Systembiologie behandelt. Teilnehmende halten ein Referat auf Deutsch oder Englisch (45 min + 15 min Diskussion) und erstellen eine schriftliche Ausarbeitung (ca. 15 bis 20 Seiten entsprechend der unten angegebenen Stilvorlage).

Themen und Termine

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\n\n"; // Ermittle, ob es sich um ein Praktikum handelt, und ob man sich anmelden kann // Suche nach dem Schlüsselwort "Praktikum" im Titel des Seminars $query = "SELECT titel,querycode FROM seminar WHERE seminarURL = '$url'"; $result = mysql_query($query); $titel = mysql_result($result, 0,"titel"); $querycode = mysql_result($result, 0, "querycode"); $isPraktikum = (stristr($titel,"praktikum")!==false); // Prüfe, ob Veranstaltung zum laufenden Semester gehört $semester = getSemester($url); // $isActive = ($semester == $currentSemester); // Liste aller Termine einer Veranstaltung abrufen $query = "SELECT * FROM termin LEFT JOIN referent USING (ID_termin) LEFT JOIN seminar USING (ID_seminar) LEFT JOIN betreuer USING (betreuer) WHERE (termin.datum > '$WAITDATE_SQL') AND (seminarURL = '$url') ORDER BY termin.datum, termin.ID_termin"; $result = mysql_query($query); $number = mysql_numrows($result); if ($number <= 0) { // wenn keine Termine gefunden print "

Themen werden so schnell wie möglich online gestellt.

"; // Liste aller Termine einer Veranstaltung abrufen $query = "SELECT * FROM seminar WHERE (seminarURL = '$url')"; $result = mysql_query($query); $number = mysql_numrows($result); if ($number <= 0) { // wenn kein Eintrag in DB vorhanden // Veranstaltung eintragen $querycode = getRandomString(8); $query = "INSERT INTO seminar (titel, seminarURL, querycode) VALUES ('Titel','$url','$querycode')"; $result = mysql_query($query); } } else { // wenn Termine gefunden $i = 0; $HTMLrowcount = 0; $ID_temin_old = -1; if ($isPraktikum) { // print " \n"; print " \n"; print " \n"; print " \n"; print " \n"; print " \n"; while ($i < $number): // Daten aus SQL-Abfrage-Ergebnis extrahieren $ID_termin = mysql_result($result, $i, "ID_termin"); $betreuer = mysql_result($result, $i, "betreuer"); $betreuerURL = mysql_result($result, $i, "betreuer.url"); $maxReferenten = mysql_result($result, $i, "maxReferenten"); $vorname = htmlentities(mysql_result($result, $i, "vorname")); $name = htmlentities(mysql_result($result, $i, "name")); if (($vorname > "") || ($name > "")) { $referent = $vorname . " " . $name; } elseif ($maxReferenten > 0 and $isActive) { $referent = "$anmeldenButton"; } else { $referent = ""; } // Wechselnder Hintergrund für gerade/ungerade Tabellenzeilen // $style = ++$HTMLrowcount % 2 ? 'tr-even' : 'tr-odd'; // Ausgabe einer Tabellenzeile // print " \n"; print " \n"; $ii = $i + 1; print " \n"; if ($betreuerURL != "") { print " \n"; } else { print " \n"; } print " \n"; print " \n"; $i++; endwhile; } else { // wenn kein Praktikum // print " \n"; print " \n"; print " \n"; print " \n"; print " \n"; print " \n"; print " \n"; while ($i < $number): // Daten aus SQL-Abfrage-Ergebnis extrahieren $datum = formatDate(mysql_result($result,$i,"datum")); $ID_termin = mysql_result($result,$i,"ID_termin"); $titel = mysql_result($result,$i,"titel"); $betreuer = mysql_result($result,$i,"betreuer"); $betreuerURL = mysql_result($result,$i,"betreuer.url"); $maxReferenten = mysql_result($result,$i,"maxReferenten"); $vorname = mysql_result($result,$i,"vorname"); $name = mysql_result($result,$i,"name"); if (($vorname > "") || ($name > "")) { $referent = $vorname . " " . $name; } elseif ($maxReferenten > 0 and $isActive) { $referent = "$anmeldenButton"; } else { $referent = ""; } // Wechselnder Hintergrund für gerade/ungerade Tabellenzeilen // $style = ++$HTMLrowcount % 2 ? 'tr-even' : 'tr-odd'; // Ausgabe einer Tabellenzeile // print " \n"; print " \n"; print " \n"; print " \n"; if ($betreuerURL != "") { print " \n"; } else { print " \n"; } print " \n"; print " \n"; $i++; endwhile; } } // Warteliste eines Seminars abrufen // Als Warteliste wird ein Termin mit einem speziellen Datum ($WAITDATE_SQL) für ein bestimmtes Seminar angenommen. $query = "SELECT * FROM termin LEFT JOIN referent USING (ID_termin) LEFT JOIN seminar USING (ID_seminar) LEFT JOIN betreuer USING (betreuer) WHERE (termin.datum<='$WAITDATE_SQL') AND (seminarURL = '$url') ORDER BY referent.datum DESC"; $result = mysql_query($query); $number = mysql_numrows($result); if ($number > 0) { // Wenn Warteliste gefunden (Info: Eine Warteliste kann auch leer sein, d.h. noch keinen Namen enthalten) $j = 0; // Muster für Befehl vor Serverumstellung im März 2008: // $titel = mysql_result($result,$j,"termin.titel"); $titel = mysql_result($result,$j,"titel"); $ID_termin = mysql_result($result,$j,"ID_termin"); $warteliste = ""; while ($j < $number): // Daten aus SQL-Abfrage-Ergebnis extrahieren $vorname = htmlentities(mysql_result($result,$j,"vorname")); $name = htmlentities(mysql_result($result,$j,"name")); if(($vorname > "") || ($name > "")) { $warteliste = "$vorname $name
\n" . $warteliste; }; $j++; endwhile; $warteliste .= $isActive ? "$anmeldenButton" : ""; // Wechselnder Hintergrund für gerade/ungerade Tabellenzeilen // $style = i % 2 ? 'tr-odd' : 'tr-even'; // Ausgabe einer Tabellenzeile // print " \n"; print " \n"; if (!$isPraktikum) { print " \n"; } print " \n"; print " \n"; print " \n"; print " \n"; } print "\n
PraktikumsplatzBetreuungTeilnehmer(in)
$ii$betreuer$betreuer$referent
DatumThemaBetreuungReferent(in)
$datum$titel$betreuer$betreuer$referent
 $titel $warteliste
\n"; if ($isActive) { if ($isPraktikum) { print "

Zur Reservierung eines Platzes tragen Sie sich bitte mit den Schaltflächen ganz rechts in der Tabelle ein.
Diese Anmeldung ersetzt nicht die offizielle Anmeldung über das Campus-System! Sie dient zur Vorreservierung der einzelnen Plätze bis zur Vorbesprechung, an der Sie persönlich anwesend sein müssen.

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Zur Reservierung eines Themas tragen Sie sich bitte mit den Schaltflächen ganz rechts in der Termin-Tabelle ein.
Diese Anmeldung ersetzt nicht die offizielle Anmeldung über das Campus-System! Sie dient zur Vorreservierung der einzelnen Termine bis zur Vorbesprechung, an der Sie persönlich anwesend sein müssen.

"; } } $getquery = explode('=', $_GET["query"]); if ( ($getquery[0] === "getlist") && ($getquery[1] === $querycode) ) { print "

Liste aller Teilnehmer

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NameVornameMatr.-Nr.EmailStudiengangSem.Betreuer
$name$vorname$matrikelnr$email$studiengang$semester$betreuer
\n"; // print email list print "

Email-Liste

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"; for ($i = 0; $i < 1; ++$i) { $email = htmlentities(mysql_result($result, $i, "email")); print "$email"; } for ($i = 1; $i < $number; ++$i) { $email = htmlentities(mysql_result($result, $i, "email")); print ", $email"; } print "

"; } ?>

Vorraussetzungen

Bachelorabschluss sowie Kenntnisse über maschinelle Lernverfahren und systembiologische Netzwerke sind hilfreich.

Literaturempfehlungen:

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[3] Subramanian, A.; Tamayo, P.; Mootha, V. K.; Mukherjee, S.; Ebert, B. L.; Gillette, M. A.; Paulovich, A.; Pomeroy, S. L.; Golub, T. R.; Lander, E. S. & Mesirov, J. P. Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proc Natl Acad Sci U S A, Broad Institute of Massachusetts Institute of Technology and Harvard, 320 Charles Street, Cambridge, MA 02141, USA., 2005, 102, 15545-15550
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Bemerkungen

Besonders geeignet für Bioinformatik-Studenten.

Stilvorlage 

  • Für die Erstellung der Ausarbeitung mit Word gibt es hier eineStilvorlage.
  • Wenn Sie eine andere Textverarbeitung bevorzugen, orientieren Sie sich bitte an diesemMuster.
  • Für Latex-Fans gibt es einen Style mit kleiner Demo.



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