Seminar: Systembiologie

Dozenten Prof. Dr. Andreas Zell, Finja Büchel, Stephanie Tscherneck
Sprechstunde Nach Vereinbarung
Zeit Montags, 13.15 - 15:00 Uhr
Umfang 2 SWS
Beginn 16. Oktober 2012
Vorbesprechung 16. Oktober 2012, 17 Uhr
Ort F116, Sand 6
Turnus unregelmäßig

Beschreibung

In diesem Seminar werden aktuelle Forschungsthemen der Systembiologie behandelt. Teilnehmende halten ein Referat auf Deutsch oder Englisch (45 min + 15 min Diskussion) und erstellen eine schriftliche Ausarbeitung (ca. 15 bis 20 Seiten entsprechend der unten angegebenen Stilvorlage).

Themen und Termine

Datum Thema Betreuung Referent(in)
22.10.2012 Tipps für Vortrag und Ausarbeitung Betreuer Betreuer 
05.11.2012 Systembiologische Modellierungsstandards (SBML, SBO, etc.) [19, 20] Betreuer Betreuer 
12.11.2012 Microarrays und low-level data processing [1,2] Stephanie Tscherneck Just Laikashi
19.11.2012 Next-Generation DNA Sequencing Methods [4,5] Stephanie Tscherneck Björn Petri
26.11.2012 Die KEGG Datenbank und Pathwayanalysen: KEGG, KEGGtranslator und SubpathwayMiner [8-10] Finja Büchel Manuel Ruff
03.12.2012 Epigenetik in der Bioinformatik[11,12] Finja Büchel Alexander Seit
10.12.2012 Genomweite Assoziationsanalysen [13,14] Finja Büchel Philipp Kirstahler
17.12.2012 Nachbesprechung Finja Büchel und Stephanie Tscherneck Betreuer 

Vorraussetzungen

Bachelorabschluss sowie Kenntnisse über maschinelle Lernverfahren und systembiologische Netzwerke sind hilfreich.

Literaturempfehlungen:

[1] Hoheisel, J. D. Microarray technology: beyond transcript profiling and genotype analysis. Nat Rev Genet 7, 200-210 (2006).
[2] Allison, D. B., Cui, X., Page, G. P. & Sabripour, M. Microarray data analysis: from disarray to consolidation and consensus. Nat Rev Genet 7, 55-65 (2006).
[3] Subramanian, A.; Tamayo, P.; Mootha, V. K.; Mukherjee, S.; Ebert, B. L.; Gillette, M. A.; Paulovich, A.; Pomeroy, S. L.; Golub, T. R.; Lander, E. S. & Mesirov, J. P. Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proc Natl Acad Sci U S A, Broad Institute of Massachusetts Institute of Technology and Harvard, 320 Charles Street, Cambridge, MA 02141, USA., 2005, 102, 15545-15550
[4]Metzker, M. Sequencing technMetzker, M. L. (2009). Sequencing technologies — the next generation. Nature Reviews Genetics, 11(1), 31-46. Nature Publishing Group. doi:10.1038/nrg2626ologies - the next generation. Nature Reviews Genetics, 11:31-46, 2010
[5]Miller, J. R., Koren, S., & Sutton, G. (2010). Assembly algorithms for next-generation sequencing data. Genomics, 95(6), 315-327. Elsevier Inc.
[6]Björkholm, P. & Sonnhammer, E., Comparative analysis and unification of domain-domain interaction networks., 2009, 25, 3020-3025.
[7]Jensen, L. et al. STRING 8--a global view on proteins and their functional interactions in 630 organisms, Nucl. Acids Res., 2009, 37, D412-D416.
[8] Kanehisa, M. et al., M.; KEGG for representation and analysis of molecular networks involving diseases and drugs. Nucleic Acids Res. 38, D355-D360.
[9] Wrzodek, C., Dräger, A. & Zell, A. KEGGtranslator: visualizing and converting the KEGG PATHWAY database to various formats. Bioinformatics 27, 2314-2315, doi:10.1093/bioinformatics/btr377 (2011).
[10]Li, C. et al., SubpathwayMiner: a software package for flexible identification of pathways., Nucleic Acids Res, 2009, 37, e131.
[11]Bock, C., & Lengauer, T. (2007). Computational epigenetics. Bioinformatics, 24(1), 1-10.
[12]Bock, C., Paulsen, M., Tierling, S., Mikeska, T., Lengauer, T., & Walter, J. (2006). CpG island methylation in human lymphocytes is highly correlated with DNA sequence, repeats, and predicted DNA structure. PLoS genetics, 2(3), e26.
[13]Cordell, H. J., & Clayton, D. G. (2005). Genetic association studies. Lancet, 366(9491), 1121-1131.
[14]Biernacka, J. M., & Cordell, H. J. (2007). Exploring causality via identification of SNPs or haplotypes responsible for a linkage signal. Genet Epidemiol, 31(7), 727-740.
[15]Karlebach, G., & Shamir, R. (2008). Modelling and analysis of gene regulatory networks. Nature Reviews Molecular Cell Biology. 9:770-780. doi:10.1038/nrm2503
[16]Orth, J. D., Thiele, I., & Palsson, B. O. (2010). What is flux balance analysis? Nature Biotechnology. 28(3):245-248.
[17]Raman, K., & Chandra, N. (2009). Flux balance analysis of biological systems: applications and challenges. Briefings in Bioinformatics. 10(4):435-449. doi:10.1093/bib/bbp011
[18]Perrone, L. F., Wieland, F. P., Liu, J., Lawson, B. G., Nicol, D. M., & Fujimoto, R. M. (2006). Challenges for Modeling and Simulation Methods in Systems Biology. Proceedings of the 2006 Winter Simulation Conference.
[19]Courtot, M. et al. (2001). Controlled vocabularies and semantics in systems biology. Molecular Systems Biology. 7:543. doi:10.1038/msb.2011.77
[20]Hucka, M. et al. (2003). The Systems Biology Markup Language (SBML): A medium for representation and exchange of biochemical network models. Bioinformatics, vol. 19, no. 4, pp. 524-531.

Bemerkungen

Besonders geeignet für Bioinformatik-Studenten.

Stilvorlage 

  • Für die Erstellung der Ausarbeitung mit Word gibt es hier eineStilvorlage.
  • Wenn Sie eine andere Textverarbeitung bevorzugen, orientieren Sie sich bitte an diesemMuster.
  • Für Latex-Fans gibt es einen Style mit kleiner Demo.



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